SeaView

SeaView es un editor gráfico de alineación de secuencias múltiples desarrollado por Manolo Gouy.

SeaView es capaz de leer y escribir varios formatos de alineación (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE).

Permite editar manualmente la alineación, y también ejecutar programas DOT-PLOT o CLUSTALW/MUSCLE para mejorar localmente la alineación.

¡NOS PERMITE HACER ALINEACIONES Y ÁRBOLES FIOLOGENÉTICOS! 

¿Cómo se hacen?

Alineamiento de secuencias

Paso 1.- Tener dos o más secuencias ya sea de nucleótidos o proteínas en un solo archivo de texto, y guardarlo en formato FASTA.

Paso 2.- Arrastrar dicho archivo a la zona gris del interfaz principal del software SeaView.

Paso 3.- Una vez tengamos dentro del Software nuestras secuencias, debemos dar click en el apartado de "Align" y posteriormente en "Align all" para realizar el alineamiento.

De esta manera ya podemos obtener el alineamiento de nuestras secuencias como se muestra en la siguiente imagen:

Árbol filogenético

Paso 1.- Una vez tenemos nuestras secuencias alineadas, debemos dar click en el apartado "Trees" seguido de la opción "Parsimony"

¡LISTO! Este es el único paso necesario para obtener nuestro árbol filogenético, siempre y cuando ya contemos con nuestras secuencias alineadas. A continuación, se muestra un ejemplo de árbol filogenético elaborado por este software.